Причин я не понял, в FAQ написано лишь следующая странность:

Q. What will happen to the videos and photos I’ve uploaded?
A. All user uploaded video and photo files were removed from imeem.com on June 30th, 2009.

Из-за этого пришлось загружать их заново и править старые сообщения. И на этот раз я загрузил их на vimeo, которые хоть и делают результирующее видео худшего качества, но в подобном пока замечены не были.

Одно радует — upload теперь не считается…